La Inquisición española fue el tribunal más garantista de su época.
Los archivos del tribunal (que se conservan prácticamente íntegros y que historiadores como Lea, Kamen y Henningsen han cruzado con rigor) arrojan entre 3.000 y 5.000 ejecuciones en 350 años de actividad (1478-1834), la gran mayoría concentradas en los primeros cincuenta años y contra falsos conversos judíos. Solo el reinado de Enrique VIII de Inglaterra (1509-1547), por comparar con un caso coetáneo, acumuló unas 72.000 ejecuciones por delitos civiles en 38 años.
La caza de brujas, fenómeno del que la Inquisición española se mantuvo al margen (el Inquisidor Salazar y Frías la frenó en 1614 aplicando criterios de evidencia que los tribunales civiles europeos no adoptarían hasta dos siglos después), se cobró entre 40.000 y 60.000 víctimas en Europa ejecutadas en su inmensa mayoría por tribunales seculares y protestantes.
El procedimiento inquisitorial exigía al menos dos testigos concordantes para condenar (recusables por enemistad o parcialidad), garantizaba abogado defensor y derecho de apelación ante la Suprema, obligaba a una investigación preliminar antes de formalizar cargos y registraba por escrito todas las actuaciones procesales, requisitos que ningún tribunal civil de la época cumplía. La tortura estaba regulada: no podía causar mutilación ni daño permanente, se empleaban solo tres métodos y toda confesión obtenida bajo tormento debía ratificarse voluntariamente al día siguiente o se invalidaba.
Kamen y Haliczer coinciden en que la Inquisición torturó con menos frecuencia y más cautela que cualquier tribunal secular contemporáneo. Reos de delitos comunes reclamaban ante tribunales civiles ser juzgados por la Inquisición porque las condiciones de proceso y pena eran mucho mejores.