Es cierto que la mayoría de los hispanoamericanos llevan apellidos castellanos, pero esto no significa que sean descendientes directos de los conquistadores originales, ya que la colonización fue un proceso complejo en el que se mezclaron pueblos indígenas, europeos y africanos, por lo que la identidad cultural de los pueblos originarios no desaparece simplemente por la adopción de apellidos hispánicos.
Además, muchos de los conquistadores eran hombres de escasos recursos que veían la expedición a América como una oportunidad de mejorar su situación, y la conquista y colonización fueron impulsadas por decisiones políticas y económicas de las coronas, no por iniciativa de las clases populares. Es cierto que en la época no existía una España unificada en el sentido moderno, sino una serie de reinos, pero fue la Corona de Castilla la entidad que impulsó las expediciones, y aunque la unificación estatal fue un proceso que se completó más tarde, no exime a los actores políticos de la época de su responsabilidad en la conquista.
La dinastía de los Habsburgo tuvo un papel clave en la administración colonial, pero los efectos de la colonización fueron moldeados por múltiples actores, incluyendo las élites locales en América, por lo que la cuestión de pedir perdón no solo recae en los descendientes de los Habsburgo, sino en reconocer el impacto histórico desde diferentes perspectivas.
Aunque las Leyes de Burgos de 1512 establecieron regulaciones para proteger a los indígenas, no abolieron la esclavitud, ya que la explotación continuó y la trata de esclavos africanos se intensificó en las décadas siguientes, por lo que las leyes no fueron siempre efectivas ni aplicadas.
P.D A dia de hoy el asesinato esta prohibido por ley. Imagino que segun tu logica ya ha dejado de suceder. LoL